Dentro del ámbito del museo funciona el Instituto Nacional de Investigación de las Ciencias Naturales, donde se llevan a cabo actividades de investigación en los diversos campos de conocimiento de las ciencias biológicas y naturales. Los distintos grupos de investigación, conformados por investigadores y becarios del CONICET y de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCyT, MINCyT), se encuentran organizados en las siguientes áreas:
- Botánica
- Ecología
- Geología
- Paleontología
- Zoología de Invertebrados
- Zoología de Vertebrados
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